肛门指诊意义重大且检查方便。首先，通过指诊可以触摸到直肠下段及肛管有无肿物和压痛、触痛，以诊断和鉴别诊断是否有良性肿瘤、恶性肿瘤、感染、肛门裂等疾病。第二，通过指诊可以触到括约肌间沟，了解括约肌的紧张度以推断某些病症。第三，根据指套上是否染血及血迹颜色，协助早期发现直肠、结肠癌，溃疡性结肠、直肠炎，痔、肛门裂等疾病。可以说大部分肛肠病可以通过指诊而基本确诊，肛门指诊是器械所不可替代的检查方法。

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